2008年3月上旬以来，阜阳市由肠道病毒EV71型引起的小儿手足口病呈点状暴发趋势，部分患儿病情进展迅速，病死率高，给救治工作带来一定困难。 4月19日，阜阳市第二人民医院立即成立了手足口病应急救治指挥部，下设七个工作组，迅速启动了突发公共卫生事件应急预案。随着疫情的发展、患儿迅速增加，医院及时将肝一科整合为感染二科，4月22日，将急诊观察病人分流到有关科室，新入院的患儿收住在急诊科。4月23日，搬迁办公区，紧急腾出行政办公楼，设立感染三科，配置病床80张。后在市委、市政府的指导协调下，又紧急启用即将竣工的综合病房大楼，设立感染四科、五科、六科，总床位达200余张，全力收治手足口病患儿。

为视察和指导手足口病防治工作，卫生部部长陈竺、党组书记高强、副部长刘谦，省委书记王金山，省长王三运，副省长谢广祥等领导，先后到阜阳市第二人民医院对手足口病病房规范管理、预检分诊、收治流程、院感防控措施落实等工作给予了充分肯定，并勉励该院医务人员再接再厉，全面夺取救治工作的最后胜利。省卫生厅和市委、市政府领导也多次到该院指导工作。

为加强危、重患儿救治工作，卫生部从北京、上海、湖南、重庆、哈尔滨、浙江等地抽调6批、36人次PICU等专家来阜阳市第二人民医院指导临床救治工作；省卫生厅从合肥、蚌埠、芜湖、巢湖、淮南等地抽调5批、25人次儿科等医护人员到该院支援临床救治工作。外援人员最多时有56名，他们同阜阳市第二人民医院医务人员一道发扬不怕苦不怕累连续作战的精神，积极投入到临床一线工作，为降低病死率，提高治愈率做出了积极的贡献。截至2008年10月底，阜阳市第二人民医院共收治手足口病患儿1724例，治愈出院1631例，其中成功抢救病危和重症患儿93例，为夺取全市手足口病防治工作的阶段性重大胜利做出了突出贡献。七·一前夕，院党委和感染二科护士长董玉萍分别被市直工委表彰为先进基层党组织和优秀共产党员。10月21日，阜阳市第二人民医院被安徽省人民政府以皖政秘[2008]148号文件表彰为全省手足口病防治工作先进集体。